Novela zákona o dani z přidané hodnoty č. 322/2003 Sb., která mění zákon č. 588/1992 Sb., o dani z přidané hodnoty, účinná od 1. října 2003, mimo vybraná ustanovení, jež nabyla účinnosti až od 1. ledna 2004, přímo upravuje daňové doklady v elektronické formě. Tato novela stanovuje pro plátce nové povinnosti, mimo jiné i uchovávat daňové doklady v písemné nebo elektronické formě tak, jak byly vystaveny. Dále je podle této novely umožněno převést doklady vystavené v písemné formě do formy elektronické. Elektronická forma dokladu, která byla vytvořena převodem z papírové, se považuje rovněž za daňový doklad. V oblasti elektronické formy daňových dokladů výše uvedený zákon odkazuje na zákon č. 227/2000 Sb., o elektronickém podpisu. Elektronický podpis se navíc jeví jako vhodný systém pro zabezpečení hodnověrnosti a integrity dokladu.
§2, odstavec 2 (zákona o dani z přidané hodnoty)
q) daňovým dokladem je běžný daňový doklad podle § 12 odst. 2, opravný daňový doklad podle § 15a odst. 2, doklad o použití podle § 12 odst. 5, splátkový kalendář podle § 12 odst. 8, zjednodušený daňový doklad podle § 12 odst. 9, daňový dobropis a daňový vrubopis podle § 13, písemné celní prohlášení podle § 43 odst. 5 a § 45 odst. 3, doklad o zaplacení podle § 12 odst. 7 a 11 a jiné rozhodnutí o vyměřené dani vydané celním orgánem; za daňový doklad se považuje i doklad převedený do elektronické formy podle § 12 odst. 4,
Z účetního hlediska je podle znění zákona o účetnictví nahrazení účetních písemností účetními záznamy v technické podobě přípustné. Je nutno zabezpečit, aby takto vytvořený daňový doklad byl hodnověrný a nemohl být po svém vytvoření změněn.
Z výše uvedeného vyplývá, že elektronická forma daňových a účetních dokladů je za splnění všech technických podmínek přípustná a je možno v ní prokazovat např. nárok na odpočet daně. Podle § 33 odst. 6 zákona o účetnictví platí, že účetní záznam může být i nečitelný, tj. z toho vyplývá, že čitelný neznamená písemnou formu, a tedy ani povinnost jej vytisknout. Účetní záznam tedy může být za splnění výše uvedených podmínek pouze v elektronické podobě. Důkazní břemeno v prokázání hodnověrnosti daňového dokladu v elektronické podobě pro účely daňového řízení, případně soudního řízení, je ale na plátci, jenž jej vystavil.

§ 33 (zákona o účetnictví)
Účetní záznam
(2) Účetní záznam může mít písemnou nebo technickou formu.
Pro účely tohoto zákona se považuje za
a) písemnou formu účetní záznam provedený rukopisem, psacím strojem, tiskařskými nebo reprografickými technikami anebo tiskovým výstupním zařízením výpočetní techniky, jehož obsah je pro fyzickou osobu čitelný,
b) technickou formu účetní záznam provedený elektronickým, optickým nebo jiným způsobem nespadajícím pod písmeno a), který umožňuje jeho převedení do formy, v níž je jeho obsah pro fyzickou osobu čitelný.

(3) Účetní jednotka může provést převod účetního záznamu z jedné formy do druhé. V tomto případě je povinna zajistit, že obsah účetního záznamu v nové formě je shodný s obsahem účetního záznamu v původní formě. Splnění uvedené povinnosti se má za prokázané, pokud účetní jednotka předloží účetní záznam v původní i nové formě a jejich obsah je shodný; splnění této povinnosti však účetní jednotka může prokázat i jiným způsobem, který nezpochybní žádná z osob, které s převedeným záznamem pracují.

(6) Účetní jednotky mohou vést účetní záznamy i ve formě, ve které je jejich obsah bez dalšího nečitelný; v tomto případě jsou povinny disponovat takovými prostředky, nosiči a vybavením (§ 4 odst. 10), které umožní provést převod účetních záznamů do formy, ve které je jejich obsah pro fyzickou osobu čitelný.

V současné době jsou již na trhu nabízeny různé systémy, z nichž některé rozhodně nesplňují podmínky zajištění hodnověrnosti a integrity dokladu. Také informovanost v České republice je v této oblasti velmi nízká a řada zodpovědných pracovníků o možnosti elektronické fakturace vůbec neví, nebo se obává názorů finančních úřadů, kterým předkládá daňová přiznání.